1524
Hernán Cortés da en encomienda a Juan de Albornoz al pueblo de Paxacuarán.
1530
Es visitado Pajacuarán por el misionero Fray Juan de Badia, quien llevó a cabo la conquista espiritual de los indios naturales, quien le puso el nombre de San Cristóbal Pajacuarán.
1581
Formaron parte de la alcadía mayor de Zamora.
1789
Pajacuarán había cambiado su sede a su lugar actual, el cerro de Pajacuarán se convertía en el "Pueblo viejo" teatro de litigios.
1831
Con la Ley Territorial del 10 de diciembre se constituye en tenencia del municipio de Ixtlán.
1923
Fue elevado a rango de municipio el 1º de enero.
