Fue un pueblo fundado por chichimecas, habitado por mexicas y posteriormente, sometido al señorío tarasco. Durante la conquista, sus habitantes fueron dominados por la fuerza del Virrey Don Antonio de Mendoza, al mando de Nuño de Guzmán.
Cerca del lugar, se encuentra un cerro, desde el cual los españoles vieron por primera vez la Laguna de Chapala, en el año de 1530. Este hecho, estimuló más sus ambición para continuar la conquista de la Nueva Galicia (Jalisco). La evangelización, la llevó a cabo Fray Juan de Badías y nombró al pueblo San Cristóbal Paxacuarán.
Durante la época colonial, contó con Alcadía Mayor y Corregimiento Tributario. En 1822, es curato, cuenta con Ayuntamiento y posee varias islas en el lago que forman parte de sus bienes de comunidad. Sus habitantes, se dedican a la cría de ganado y a la agricultura, produciendo maíz y frijol.
El 10 de diciembre de 1831, se le dio la categoría de tenencia, perteneciendo al municipio de Ixtlán, a su vez integrante del Distrito de Tanhuato. El 27 de noviembre de 1922, se le otorgó el rango de municipio, actualmente el municipio y su cabecera municipal, llevan el nombre de Pajacuarán.
